
Municipal Puntarenas fue el tercer equipo fundado en 1952 hasta 1964 que subió a la Primera División y se mantuvo por nueve años en ella.
Los años 70′ fueron los de gloria para el equipo porteño, ya que en 1978 fue su primera final ante CS Herediano; sin embargo, salió derrotado en ambos juegos. En 1982 Puntarenas vuelve a llegar a la final del campeonato nacional contra el Deportivo Saprissa. El juego de ida terminó igualado cero por cero, pero desdichadamente Saprissa ganó el siguiente partido y se coronó campeón, siendo Puntarenas su segunda derrota en la final nacional.
El 20 de mayo de 1986, llegaría la gloria para la escuadra chuchequera y aficionados, puesto que Municipal Puntarenas fue campeón nacional ante Liga Deportiva Alajuelense, donde el juego de ida terminó a favor de la escuadra porteña y el siguiente partido finalizó con un empate.
Pero no todo iba a hacer color de rosa, dado que en la temporada 2000-2001 Municipal Puntarenas abandonó la división de honor y pasó a jugar en la Segunda División. Luego de dos años de estar en la Segunda División, los empresarios Eduardo Li y Adrián Castro compraron la franquicia de Santa Bárbara FC y de esa manera nace el actual Puntarenas FC
Puntarenas FC debutó nuevamente en Primera División el 22 de agosto del 2004 ante Belén en el estadio Miguel “Lito” Pérez con un marcador de dos por cero a favor de la escuadra chuchequera.
Dos años más tarde, el 28 de noviembre del 2006, Puntarenas FC obtuvo su primer sub-campeonato nacional, y además el Campeonato UNCAF al vencer a Olimpia de Honduras 3-2 en casa y 0-1 de visita (3-1) penales .
Esa noche el ambiente chuchequero en las afueras de la “Olla Mágica” fue increíble. La Samba, aficionados, jugadores, cuerpo técnico y directiva del equipo celebraron el triunfo de una manera inolvidable para la provincia de Puntarenas y todo el país.
Luego de obtener el cetro de Campeón de Centroamérica, el Puntarenas FC ganóse un campo en el Torneo de Concacaf, donde tuvo que medirse ante el campeón de la MLS de Estados Unidos, el equipo del Dynamo de Houston.
En el Torneo de Invierno del 2009, Alejandra Ordoñez asumió la Presidencia del equipo porteño y la escuadra porteña terminó haciendo un gran torneo.
El estadio Lito Pérez, casa de los chuchequeros inauguró la mejor iluminación de Centroamérica el miércoles 09 de diciembre del 2009, en el juego de ida cuartos de final del campeonato de Invierno , juego que se ganó dos por uno contra el Club Sport Cartaginés en el juego de vuelta se empató en el último minuto, de esta forma pasó a la semifinal contra el Club Sport Herediano.
En el juego de ida de la semifinal ante Heredia en la «Olla Mágica» se superará remontar un marcador de cero por uno y al final un tres por uno que permitió una importante ventaja en la serie. En el juego de vuelta, el Puerto perdió el partido dos por uno, pero el marcador global de cuatro por tres logró llegar a la final ante Brujas.
En esa final el equipo porteño en los dos juegos fue muy superior en la cancha, pero lamentablemente en casa el miércoles 23 de diciembre no pudo anotar y el lunes 28 de diciembre en casa de Brujas aunque anotó primero vino en el segundo tiempo el empate y al llegar a los lanzamientos del punto de penal fue más certero el Brujas y el equipo chuchequero sumó su segundo Sub-Campeonato en su corta historia en el fútbol.
Puntarenas FC disputó el no descenso ante Limón FC el 24 de abril del 2014, donde la escuadra porteña no rompió la victoria, terminó de último en la tabla general con 42 puntos y volvió a jugar en Segunda División, en cual lleva ocho años .
Para el torneo de Clausura 2021, el equipo porteño disputó la final ante AD. Guanacasteca, donde salió derrotado dos por tres en el juego de ida, empató dos por dos en el de vuelta y terminaron derrotados por un global de cinco por cuatro.
Si bien, Puntarenas llegó a darlo todo en el siguiente torneo, lo cual le funcionó, dado que clasificó a cuartos de final, luego pasó semifinales y por último llegó a disputar la final ante AD. Barrio México y llevándose el triunfo en el torneo de Apertura 2021.
Luego de haber dado el primer paso, en el torneo de Clausura 2022, Puntarenas FC volvió con más deseo de ascender a Primera División, dejando a la mayoría de los equipos goleados en el torneo, clasificando nuevamente a cuartos de final, pasando por semifinales y llegando a la final que disputará ante AD. Carmelita el próximo sábado 14 de mayo, donde los porteños serán locales en el juego de ida.